1933 m. mokyklų inspektorius Juozas Ruseckas, mokytojas Petras Bliūdžius, miesto burmistras Julijonas Malevičius ir kiti entuziastai, susibūrę į kraštotyros draugiją, Rokiškyje įkūrė muziejų įkūrė muziejų. Po įsteigimo muziejus kurį laiką glaudėsi dviejuose apskrities bibliotekos kambarėliuose, o nuo 1935 m. įsikūrė miesto centre, mūriniame name (dabar viešoji biblioteka). Pirmuosius rinkinius sudarė apskrities mokytojų  ir moksleivių surinkti muziejinės vertės daiktai, taip pat eksponatai, perimti iš Rokiškio gimnazijos muziejėlio.

Muziejaus reikalais rūpinosi Juozas Ruseckas. Jam išvykus, neetatiniu vedėju paskirtas Petras Bliūdžius. Jis stengėsi į krašto tyrinėjimo darbą įtraukti daugiau visuomenės, ypač mokytojų, savivaldybės tarnautojų. Pavyko surinkti  gausią drožinėtų verpsčių, senosios skulptūros, medinių indų ir vieną didžiausių respublikos kraštotyros muziejuose akmeninių kirvukų kolekciją. Eksponatų rinkimas dar labiau suaktyvėjo 1938 m., muziejui pradėjus gauti Švietimo ministerijos finansinę paramą. Buvo organizuojamos išvykos, pradėti rinkti stambesni etnografiniai daiktai, atsirado galimybė vieną kitą vertingą eksponatą nupirkti. 1939 m. muziejaus fonduose buvo 1046 muziejinės vertės daiktai. 

1940 m., atėjus sovietinei valdžiai, kada Rokiškio dvaro savininkai Pšezdzieckiai buvo priversti palikti Lietuvą, iškilo grėsmė likusioms dvare meno vertybėms. Štai tada P. Bliūdžius kartu su miesto burmistru Vl. Paukšta pradėjo rūpintis, kad jos nežūtų. Švietimo komisariatas leido perkelti į dvaro rūmus kraštotyros muziejų, o Lietuvos kultūros paminklų apsaugos įstaiga įgaliojo muziejaus vedėją P. Bliūdžių saugoti ir globoti ne tik Rokiškio dvare esančias kultūros vertybes, bet taip pat jas surinkti  ir suvežti į muziejų iš visų Rokiškio apskrities nacionalizuotų dvarų. Taip tikėtasi iš jau sukauptų fondų, grafo Pšezdzieckio ir kitų 10 nacionalizuotų dvarų  suvežtų meno vertybių sukurti didelį rytų Lietuvos kultūros muziejų. 

Miesto burmistras Vl. Paukšta muziejui paskyrė 16 Rokiškio dvaro kambarių. Buvo pradėta rengti ekspozicija. Tačiau, dar nespėjus jos užbaigti, atvyko Raudonosios armijos atstovai ir pareikalavo dvaro rūmus perduoti jiems. Muziejui vis dėlto pavyko išsiderėti 11 kambarių ir, viską sutvarkius, 1940 m. rugsėjo 15 d. dvare atidaryti ekspozicijas. Vien tik tą dieną muziejų aplankė apie 1000 žmonių, o iš viso iki metų pabaigos muziejuje pabuvojo 7682 lankytojai. 

1940 m. muziejus buvo paskelbtas valstybine įstaiga, vietoje Kraštotyros jam suteiktas Kultūros muziejaus vardas. 

Tačiau tuo džiaugtis teko neilgai, nes kariuomenės vadai iš muziejaus pareikalavo  dar kelių kambarių. LTSR valstybinės žemės ūkio komisijos pirmininkas A. Žukauskas raštu Rokiškio apskrities žemės ūkio komisijai pavedė dvaro rūmus perduoti Raudonosios armijos 215 šaulių pulkui. Kasdieniais darbais ir rūpesčiais prasidėjo ir 1941-ieji. Muziejaus vedėjas P. Bliūdžius 1941 m. birželio 13 d. Politinio švietimo valdybai rašė: „Šiuo metu muziejus patalpų neturi (...). Naujos muziejaus patalpos jau remontuojamos, bet jos yra tokios mažos, kad vargu pakaks vietos kaipo sandėliui.." Po kelių dienų, birželio 15-ąją, P. Bliūdžius su šeima buvo suimtas ir išvežtas į Sibirą.  

Prasidėjo karas. Nacių administracija muziejaus neuždarė, tačiau jo veiklą visiškai apribojo. Renkamasis darbas nutrūko. Liko nepargabentos apskrities dvaruose nacionalizuotos meno vertybės. Daug eksponatų, ypač turinčių praktinę-buitinę paskirtį, iš muziejaus buvo išgrobstyta.

Dėl neužtikrinto meno dirbinių saugumo 1941 m. spalio 9 d. vertingiausi muziejaus tapybos ir grafikos darbai buvo perduoti Kauno kultūros muziejui. Rokiškio muziejui grąžintas kraštotyros muziejaus vardas. Muziejaus vedėju tapo gimnazijos piešimo mokytojas Pranas Simanavičius.

1942 m. rudenį hitlerinės valdžios reikalavimu muziejus priverstas išsikelti  iš dvaro rūmų, paliekant juose didelę dalį Rokiškio dvaro turtų: baldų, paveikslų, skulptūrų, knygų ir kt. Eksponatams skirtos pagalbinės dvaro patalpos. Nebuvo sąlygų nei ekspozicijoms, nei darbui, nes patalpų nešildė.

Po karo muziejaus veikla vėl atgaivinta, jam grąžintos patalpos Rokiškio dvaro rūmuose.

Nežiūrint sudėtingų darbo sąlygų, vadovaujant direktoriui A. Krasauskui, dvare įrengtos ir atidarytos ekspozicijos, į muziejų atgabenta gausi kolekcionieriaus P. Gasiūno spaudinių kolekcija. Švenčiant lietuviškos knygos 400 metų jubiliejų, buvo surengta spaudos paroda, turėjusi didelį pasisekimą ir atgarsį. Tačiau muziejus susilaukė nemažos kritikos už tai, kad nebuvo sukurta sovietinio laikotarpio ekspozicija.

1948 m. muziejus perkraustytas į nešildomą medinę gimnazijos bažnytėlę. Direktorius A. Krasauskas ataskaitoje rašo, kad tas pastatas „be apšildymo, papuvęs, nepritaikytas, pratekančiu stogu". Visi eksponatai čia nesutilpo, todėl dalis jų palikta dvaro rūmų pagalbinėse patalpose, kiti sukrauti miesto savivaldybės pastate, klebonijos klėtyje.

1949 m. liepos 3 d. bažnytėlėje lankymui atidaryti priešistorinis, revoliucijos, socialistinės statybos, gamtos, meno ir etnografijos ekspozicijų skyriai. Susidomėjimas muziejumi buvo itin didelis, jau pirmomis dienomis jį aplankė per 1000 rokiškėnų.

1952 m. liepos mėn. muziejus sugrąžintas į suremontuotus dvaro rūmus, kartu čia įkurdinama biblioteka, kultūros namai. Dvare buvo atidarytos archeologijos, liaudies meno, gamtos, etnografijos ekspozicijos, o dar po poros metų muziejuje parengta ir pirmoji sovietinio laikotarpio ekspozicija.

Naujas intensyvus organizacinis-kūrybinis etapas muziejuje siejamas su direktoriaus  (1957-1966 m.) S. Daunio vardu. 1960-1962 m. tarp Respublikos kraštotyros muziejų užimta pirmoji vieta, 1965 m. muziejui suteikta trečia kategorija, jis tapo respublikinės priklausomybės – tai leido priimti daugiau darbuotojų, išplėsti veiklą. 1958-1959 m. vykdomi archeologiniai kasinėjimai Juodonių piliakalnyje, organizuojamas valstiečio sodybos perkėlimas ir liaudies buities skyriaus (pirmojo skanceno Lietuvoje) kūrimas dvaro parke. Muziejaus filialu tampa Zarasų muziejus, Stelmužės bažnytėlėje įrengiamos ekspozicijos. S. Daunys atranda nepakartojamą medžio drožėją L. Šepką, kurio drožiniai 1961 m. birželio 12 d. perkeliami į muziejų.

1966 m., S. Dauniui išvykus dirbti į Rumšiškes, direktoriumi Kultūros ministerija paskyrė ką tik baigusį Vilniaus universitetą istoriką Algimantą Kvartūną. Jam vadovaujant, muziejus augo, plėtėsi fondai, ekspozicijos. Direktoriaus A. Kvartūno rūpesčiu iš Rokiškio dvaro ansamblio pastatų buvo palaipsniui iškeliamos čia įsikūrusios įstaigos, gyventojai. Tos patalpos atitekdavo muziejaus ekspozicijų salėms ar eksponatų saugykloms. Pagal Vilniaus „Dailės" kombinato projektus 1970 m. įrengtos liaudies meno, kitais metais – L. Šepkos drožinių, 1975-1980 m. centriniuose rūmuose išplėstos istorijos ekspozicijos, sumontuotos specializuotos eksponatų saugyklos. 1979 m. muziejui perduoti du buvusio kumetyno pastatai, o į naujas patalpas išsikėlus bibliotekai ir kultūros namams, muziejus liko vieninteliu dvaro šeimininku. Šalia muziejinės veiklos direktoriui teko rūpintis buvusių dvaro pastatų remontu-restauravimu, parko priežiūra. 

1980 m. muziejininkai atsisveikino su ilgamečiu direktoriumi  A. Kvartūnu, kuris išvyko dirbti į Rumšiškių liaudies buities muziejų. Vietoje prie muziejaus vairo stovėjusių vyrų paskutiniuosius dešimtmečius muziejui vadovauja moterys: Ona Mackevičienė (1980-1985 m.), Marijona Mieliauskienė (1985-1987 m.), Olga Grumbinienė (1987-1989 m.), nuo 1989 m. Nijolė Šniokienė.